Sailkapen koadroa irudikapen hierarkizatu eta logikoa da, Artxibo Nagusian zer dokumentazio dagoen eta nola antolatuta dagoen jakiteko aukera ematen duena. Hona hemen bertara sartzeko eta barrutik nabigatzeko esteka: sailkapen koadroa.

Funtzional-organikoa da Artxibo Nagusiaren dokumentazioaren antolaketa. Irizpide nagusia da dokumentuak garatu, edo jaso, eta kudeatu diren funtzioa. Hala ere, EAEko Sektore Publikoko zenbait erakundek beren atal propioa dute koadroaren barruan: hauxe da irizpide organikoa.

Artxibo Nagusiaren sailkapen koadroa bost mailatan egituratuta dago. Orokorrenetik laburrenera, honako hauek dira: funtsa, azpifuntsa, sekzioa, azpiatala eta dokumentu segida (edo seriea):

• Funtsak bat datoz Ekidegoko administrazioari egotzitako eskumen arlo handiekin. Bi letrarekin kodetzen dira. Adibidez: SA-OSASUNA.
• Azpifuntsak funts baten zatiak dira, besteetatik bereizten dira eta nolabaiteko autonomia maila duten mendeko administrazio entitateei dagozkie. Bi letrarekin kodetzen dira ere. Adibidez: OS-OSAKIDETZA-Euskal Osasun Zerbitzuak, SA-OSASUNA funtsaren menpean dago eta funts baten antzeko antolaketa du.
• Atalek eremu funtzionalak identifikatzen dituzte gaitasun arlo baten barruan. Bi digiturekin kodetzen dira. Adibidez: OS.03-OSPITALEKO ARRETA.
• Azpiatalak sortzen dira atalaren konplexutasunak eskatzen duenean. Letra bakarrarekin kodetzen dira. Adibidez: OS.03.F-BASURTUKO OSPITALEA (Bilbo).
• Dokumentu-segidak biltzen ditu administrazio funtzio edo jarduera bat gauzatzean sortu diren dokumentuak eta/edo espedienteak. Hiru letrarekin kodetzen dira. Adibidez: OS.03.F.DHB-Basurtuko Ospitaleko Dokumentazio historikoa.