Los presupuestos estimados por los técnicos oscilan entre 64 y 80 millones de euros. La primera opción describe un trazado con una longitud de 3.858 m., que discurre en unos trescientos metros en la Nueva Terminal de Abando y posteriormente en túnel de vía doble, hasta enlazar con la vía actual bajo la Avda. Miraflores. Hacia el p.k. 2+300 se dispone una nueva estación de Atxuri en caverna subterránea, con cañones de acceso a la actual estación de Atxuri y a la Plaza Saralegi (Bilbao La Vieja).

El planteamiento en esta alternativa parte de la idea original del Ministerio de Fomento, que define la planta superior de la futura terminal de Abando con tres  vías de ancho métrico y cinco de ancho ibérico con la utilización conjunta de las vías de ancho métrico para la explotación de las líneas de ETS y de Feve.

Así, a la Nueva Terminal de Abando llegarán dos vías de ancho métrico que en la zona de andenes se incrementa en una más y se consiguen tres vías de ancho métrico. Estas tres vías ofrecen la posibilidad de disponer una para la explotación de FEVE, otra para la explotación de ETS y la tercera vía, junto a un andén largo en la zona más exterior, para el apartado esporádico de unidades.

La conexión de los dos trazados de vías procedentes de FEVE y de ETS se realizará a una distancia aproximada de seiscientos (600) metros desde la zona de andenes de la estación, que permita una explotación de ambos operadores similar al servicio actual, aunque sin posibilidad de utilizar la estación como zona de descanso y espera de unidades ferroviarias, tal y como se explotan y utilizan actualmente las estaciones de cada uno de los operadores.

La segunda alternativa contaría con un trazado de 2.992 m., también íntegramente en túnel en vía doble desde Miraflores, con una nueva estación de Atxuri en caverna (hacia el p.k. 1+800, cercana a la Pza. de La Encarnación) con acceso en cañón desde la actual estación de Atxuri.

Esta alternativa plantea la posibilidad de transformar el espacio común de los dos operadores (Euskotren y Feve) en una estación de paso, y no de fondo de saco. Esto es, plantear una estación a la que un operador llegue por un extremo de la misma y el otro operador por el extremo opuesto.

La tercera opción que se maneja propone diferenciar los espacios en función del tipo de ancho de vía. Por ello se plantea la ejecución de una nueva planta en el edificio de la Nueva Estación Intermodal de Abando, que se destinará exclusivamente a las vías de ancho métrico. De esta manera la edificación de la Nueva Estación Intermodal dispondría de un planta para la explotación de las líneas de ancho ibérico, operadas por RENFE; una planta destinada al uso del operador de Alta Velocidad con vías de ancho internacional, y otra planta con instalaciones en ancho métrico, operadas tanto por FEVE como por Eusko Tren.

El trazado es bastante similar en planta al descrito en la primera alternativa (es prácticamente idéntico en el recorrido por la margen derecha del Nervión) con algo menor desarrollo desde la caverna de la nueva estación de Atxuri a la nueva Terminal de Abando, con un total de 2.990 m. de longitud. También se desarrolla en túnel en vía doble, con nueva estación de Atxuri en caverna (accesos a actual estación de Atxuri y a plaza Saralegi).