El sida (CIE-9: 279.5.6 y CIE10: B20-B24)1 fue responsable del 1,1% de las defunciones. Desde 1990 a 1997, la mortalidad por sida se triplicó, y en 1998 comenzó a descender hasta valores menores a los de 1990. La distribución geográfica de la mortalidad se caracteriza por un patrón geográfico muy marcado, con excesos en la mortalidad muy delimitados a zonas de las tres capitales y de las comarcas de Gernika-Bermeo, Bajo Deba y el Duranguesado, junto con amplias zonas de los tres territorios con una menor mortalidad.

* Códigos según la Clasificación de Internacional de Enfermedades novena revisión (CIE-9) para los años 1996 al 1998 y la décima (CIE-10) para los años 1999 al 2003.