A los días del descubrimiento del santuario paleolítico de Ekain, J. M. de Barandiaran y J. Altuna realizaron una cata en la entrada de la cueva, descubriendo en ella un yacimiento prehistórico. Sin embargo su primera atención fue realizar el primer estudio de las figuras rupestres, estudio que se publicó dentro del mismo año del descubrimiento (1969) en la revista Munibe, órgano de la Sociedad de Ciencias Aranzadi. J. Altuna y J. Apellániz realizaron en 1978 un nuevo estudio de las figuras, que se publicó también en la revista Munibe.

Posteriormente se iniciaron las campañas de excavaciones. Estas duraron desde 1969 hasta 1975. Las tres primeras fueron dirigidas por Barandiaran y las tres últimas por Altuna.