La cueva de Altxerri se encuentra en el País Vasco, dentro del complejo de cuevas prehistóricas del Golfo de Vizcaya. Otros santuarios prehistóricos del lugar son Ekain, Santimamiñe e Isturitz.
La cueva está situada al pie de la ladera oriental del monte Beobategaña, en término del pueblo de Aia, si bien el acceso más cómodo a ella se hace desde el pueblo costero de Orio.
En su proximidad no se encuentran otros yacimientos magdalenienses. El más próximo, el yacimiento de Erralla, está situado a unos 11 km al SSW. Hacia el Este el más próximo es el de Aitzbitarte, a más de 20 km.
