URA tiene entre sus  principales cometidos el de conservar y mejorar el estado ecológico de las masas de aguas que se concretan en dos líneas de trabajo paralelas.

• Por un lado,  proteger las masas de agua de nuevas presiones—entendidas como cualquier actividad humana que incida sobre el estado natural de las aguas— para procurar su conservación y no deterioro.
• Por otro, promocionar medidas que mejoren y recuperen el estado ecológico de las masas de agua y reduzcan la afección de las presiones.

Las presiones sobre las masas de agua son reflejo del modelo territorial de la CAPV, en el que confluyen  una topografía accidentada, una alta densidad de población y unos usos urbanos,  industriales y —en menor medida— agropecuarios  del suelo. 

Una combinación de factores que conlleva el que las masas de agua del territorio sean sometidas a una presión muy alta que provocan afecciones  en forma de la contaminación puntual (vertido de aguas residuales urbanas e industriales sin el debido tratamiento) y las alteraciones hidromorfológicos (tanto la ocupación y alteración física del medio hídrico como la alteración del régimen de caudales por las detracciones de agua).