L'orifice actuel et l'entrée ancienne s'ouvrent sur une pente rocheuse presque verticale, à 15 m au-dessus du fond de la vallée et à 20 m au-dessus du niveau de la mer. Altxerri est située à 2,5 Km de la côte, mais le niveau de la mer au Magdalénien était à 60 m environ plus bas qu'aujourd'hui. La grotte se trouvait alors à environ 6 Km à l'intérieur des terres.
