La grotte d'Altxerri se trouve au Pays basque, dans l'ensemble de grottes préhistoriques du golfe de Gascogne. Au Pays basque, il y a aussi d'autres sanctuaires préhistoriques: Ekain, Santimamiñe et Isturitz.
La grotte est située sur le versant est du mont Beobategaña, sur le territoire de la commune d'Aia. Mais c'est à partir d'Orio, sur la côte, qu'elle est le plus facilement accessible.
À proximité d'Altxerri, on ne connaît pas d'autre site du Magdalénien. Le plus proche, Erralla, est à 11 Km au sud sud-ouest. Vers l'est, le site le plus proche d'Altxerri est Aitzbitarte, à plus de 20 Km.
