La cueva ha estado abierta al público desde su descubrimiento. Además de las personas adultas interesadas, todos los años acudían numerosos alumnos de todas las edades, desde la Enseñanza Primaria hasta la Universitaria. Era típica la excursión de los alumnos menores de los cursos de bachillerato hacia finales de cada curso a Santimamiñe.
Todo ello ha supuesto un deterioro de las figuras, que han perdido mucho de su nitidez inicial, como ocurre en tales casos en otros santuarios. Así Lascaux o Altamira antes de sus cierres definitivos.
Esta situación ha llevado a la Diputación de Bizkaia (autoridades provinciales) a hacer lo mismo con esta cueva. De ahí que las partes que contienen las figuras, en especial la cámara y antecámara, están ahora cerradas al público y sólo pueden ser visitadas por los especialistas o los que realizan trabajos determinados sobre el arte rupestres de esta cueva, como es la presente página.
En casos ha sido el desconocimiento de quienes han realizado determinadas obras el que ha dañado gravemente algunas figuras. De todas formas, el resto de la cueva, es decir la galería principal, en la que hay solamente un número muy reducido de figuras, sigue abierto a las visitas.
