En otro orden de cosas la cueva de Santimamiñe muestra una gran belleza geológica, con un gran número de formaciones estalagmíticas y estalactíticas que en casos se unen completando magníficas columnas a lo largo de todo el recorrido de la cueva. Por otro lado hay preciosos mantos de concreción sobre sus paredes, originando a veces cortinas finas de carbonato cálcico, en casos blanco, en casos rojizo, por la carga de óxidos de hierro que llevan las aguas.