Hauek dira Administrazio Kontseiluari dagozkion eginkizunak:

1. Agentziaren jardueren plan orokorrak onartzea.
2. Agentziaren urteko aurrekontuaren aurreproiektua onartzea.
3. Agentziaren jardueren urteko memoria onartzea.
4. Aplikatzekoak diren legezko baldintzen arabera, Agentziaren plantillen eta langileen ordainsari-araubidearen proposamena egitea. Proposamen hori, betiere, Eusko Jaurlaritzak onartu beharko du.
5. Agentziaren estatutuak eta haren antolaketari eta funtzionamenduari buruzko gainerako arauak onartzeko eta aldatzeko proposamena egitea, Eusko Jaurlaritzari helarazteko.
6. Eusko Jaurlaritzaren onespena eskatzen duten beste erabaki-proposamen batzuk hari helarazteko proposatzea.
7. Agentziaren jardunaren jarraipena, gainbegiratzea eta ebaluazioa egitea, eta, bereziki, Agentziako Zuzendaritzaren kudeaketa kontrolatzea eta zuzendaritzari dagozkion erantzukizunak eskatzea.
8. Beste entitate edo pertsonifikazio juridiko batzuetan parte hartzeko baimena ematea, aplikatu beharreko araudia betez, kasuan kasu Euskal Zibersegurtasun Agentziari dagozkion eskubideak haietan egikaritzeko.
9. Bidezko diren hitzarmen, akordio, protokolo edo ekintzak onartzea.
10. Agentziaren jardueraren berri ematea Eusko Jaurlaritzari, aldian-aldian.
11. Legeek edo Agentziaren estatutuek ematen dizkioten gainerako eginkizunak betetzea, bai eta, Agentziarenak izan arren, Agentziaren beste organo bati esleitu ez zaizkion gainerakoak ere.