La Ville de Gernika fut fondée sur les terrains de l'anté-église de Lumo, en 1.366. L'Eglise de Santa María est antérieure à la fondation de la ville car, avant d'apparaître citée dans la charte de fondation de la ville comme Monastère de Sarospe, elle apparaît, en 1.051, au sein d'un document de donation à San Millán de la Cogolla. On suppose que ce temple se trouvait à l'intérieur de l'enceinte de la ville, car il est situé sur un des coins du centre urbain, sur un sommet, et ses murs pouvaient probablement permettre une défense face à la terre ouverte. De nos jours, le seul élément ancien du centre est l'église, car le reste fut détruit lors du bombardement. Après la reconstruction menée à bien par l'organisme des régions dévastées, la ville résultante n'a pas grand chose à voir avec la ville médiévale car, même si elle conserve le même nombre de rues, ces dernières ont été modifiées dans leur largeur et leur alignement, en changeant de même la parcellisation et l'aménagement des demeures.
Depuis le Moyen-Age, au moins depuis le XVème siècle, les réunions des Assemblées Générales de la Seigneurie de Biscaye se sont tenues à Gernika, sous le chêne affranchi. Le bâtiment de la
Casa de Juntas, situé sur une colline qui domine la ria de Mundaka, est constitué de deux éléments: l'arbre historique de Gernika avec sa tribune et sa clairière, où se réunissaient les membres de l'Assemblée, et l'Ermitage de Nuestra Señora de la Antigua, où, le temps passant, fut transférée l'Assemblée des membres de la Junte. Toutefois et à l'époque moderne, d'autres constructions complémentaires, réalisées au cours du premier tiers du XIXème siècle, composent l'ensemble de la Casa Foral, qui s'est maintenue dans son essence: les archives, l'église, la tribune des serments décisoires, le musée et la petite chapelle consacrée au vieil arbre. L'arbre actuel est l'héritier de ceux d'antan. Il fut planté en 1.860 et poussa alors que se languissait le vieil arbre, qui mourut desséché en 1.892.
