En virtud del artículo 6 de la Ley 19/1998, de 29 de junio, de Ordenación Universitaria de la Comunidad Autónoma del País Vasco, fue creado el Consejo Vasco de Universidades. La Ley 3/2004, de 25 de febrero, del Sistema Universitario Vasco, en su artículo 65, declara que dicho Consejo es el órgano de coordinación del Sistema Universitario Vasco y de consulta y asesoramiento del Gobierno Vasco en materia de Universidades. Seguidamente, el artículo 66, relativo a su composición y funcionamiento, introduce novedades respecto de la regulación anterior. En concreto, por lo que a la composición se refiere, su apartado primero establece que el Consejo Vasco de Universidades estará presidido por el Consejero o Consejera titular del Departamento competente en materia de Universidades y que ejercerá funciones de Vicepresidente el Viceconsejero o Viceconsejera competente en materia de Universidades. Establece, asimismo, en su letra a), que formarán parte del mismo, entre otros, cinco vocales por designación de la Consejera o Consejero, incluido el Viceconsejero anteriormente citado. Por su parte, el artículo 3.1 del Decreto 204/2007, de 20 de noviembre, por el que se regula el Consejo Vasco de Universidades, regula su composición.

Por Decreto 402/2009, de 16 de junio, se nombraba a tres de los cuatro vocales designados por la Consejera de Educación, Universidades e Investigación en el Consejo Vasco de Universidades.

En su virtud, a propuesta de la Consejera de Educación, Universidades e Investigación, y previa deliberación y aprobación por el Consejo de Gobierno en su sesión celebrada el día 24 de noviembre de 2009,