El Palacio de Ajuria Enea no es la primera sede del Gobierno de Euskadi a lo largo de su historia. Cuando las tropas fascistas dirigidas por el dictador Franco se alzaron contra el poder democrático de la República el 18 de julio de 1936, el Ejecutivo Vasco presidido por el primer Lehendakari de Euskadi José Antonio Aguirre y Lekube trasladó su centro de operaciones al Hotel Carlton de Bilbao.

Diseñado en 1.919 por Manuel Maria Smith el Carlton ha sido testigo de importantes acontecimientos sociales y culturales ocurridos en la historia contemporánea de Euskadi. Desde aquí, Aguirre y su gobierno organizaron al Ejército Vasco que luchó durante la Guerra Civil para defender los valores democráticos imperantes. Hoy en día, es uno de los edificios más emblemáticos de Bilbao. Situado en la Plaza Federico Moyúa, lugar donde confluyen las calles del centro financiero más importante del Ensanche bilbaíno, ha sido declarado recientemente Monumento Arquitectónico, Histórico, Artístico y Cultural por el Gobierno Vasco. Su valor artístico se percibe en cada detalle, decorado con un refinado estilo clásico. El Hotel Carlton fue totalmente reformado en 1.994 para adaptarlo a las necesidades actuales.

Tras la caída de Bilbao en junio de 1937, el Ejecutivo de José Antonio Aguirre decide trasladarse a Barcelona, al número 66 del Paseo de Gracia, donde recientemente ha sido colocada una placa en catalá y euskara, que recuerda la presencia oficial del Gobierno Vasco durante aquellos trágicos meses

Sin embargo, desde la sede barcelonesa, el ejecutivo de Agirre comenzó a preparar el exilio, creando centros de coordinación en el extranjero para una hipotética diáspora en previsión de los acontecimientos más nefastos de la sublevación fascista. Así, se abren sucesivamente consulados de Euskadi en Londres, Baiona y Buenos Aires pero es en París donde se adquiere la que finalmente será la sede oficial del Gobierno Vasco en el exilio.

Gracias a las relaciones de varios expatriados relacionados con el nacionalismo vasco, se compra el palacete número 11 de la céntrica Rue Marceau. Consumada la derrota de la República, el Ejecutivo de Euskadi centraliza en este histórico ‘chateau’ parisino sus esfuerzos para cobijar a las decenas de miles de refugiados vascos que huían de la guerra y para diseñar una política internacional que convenciera a las democracias europeas de la necesidad de volver a restablecer la legalidad liquidada por Franco.

La caída de la capital francesa en manos de los nazis en mayo de 1940, provoca su desmantelamiento y la ocupación posterior de las oficinas por parte de la policía franquista. Sin embargo, la derrota del Eje permitió el regreso del Gobierno Vasco a la Rue Marceau, donde organizó actos relevantes como la rubrica en 1947 del acta de fundación de los NEI, los Nuevos Equipos Internacionales, el embrión de lo que luego fue la Unión Europea de Democratacristianos, cuyo líder más carismático fue Konrad Adenauer.

Desgraciadamente, los acontecimientos que continuaron siendo difíciles. El 28 de junio de 1951, el Gobierno francés ordena el desalojo definitivo del palacete en virtud de una ley franquista que declaraba la posesión sobre todos los bienes de la Republica, lo que unido a una fuerte presión política del nuevo Estado ilegítimo español sobre el francés, provocó que la decisión fuera irrevocable. El propio José Antonio Agirre solía recordar que una de sus peores experiencias fue la incautación del palacio de la Rue Marceau por parte del dictador, una propiedad que nunca ha sido devuelta a la administración vasca. Desde 1991, este edificio alberga la sede del Instituto Cervantes en París.

Por fortuna, algunos miembros de aquel Gobierno Vasco encontraron una nueva residencia en el número 48 de la Rue Singer de París para trasladar con garantías el centro oficial en el exilio. Se trataba de una vieja mansión de tres plantas que en 1965 fue derribada tras una remodelación urbanística para construir un nuevo edificio. En el semisótano de la casa número 50 de la Rue Singer se alojó el Ejecutivo hasta el regreso a Euskadi del Lehendakari Leizaola, el 15 de diciembre de 1979.