Die Höhle ist seit ihrer Endeckung für die Öffentlichkeit zugänglich gewesen. Neben interessierten Erwachsenen wurde Santimamiñe jährlich von zahlreichen Schülern und Studenten besucht. Ausflüge nach Santimamiñe für die untersten Schulklassen am Ende des Schuljahres waren typisch.
All dies hat zu einer Verschlechterung der Qualität und zu Schäden an den Darstellungen geführt, welche viel von ihrem ursprünglichen Detailreichtum verloren haben. Dasselbe ist auch in anderen europäischen Höhlenheiligtümern geschehen, wie z.B. in Lascaux oder Altamira vor ihren endgültigen Schließungen.
Die dargestellte Situation hat die Provinzialregierung von Bizkaia dazu bewegt, auch die Santimamiñe-Höhle zu schließen. Daher sind heutzutage die Teile der Höhle, welche die Darstellungen beinhalten - insbesondere die Kammer und die Vorkammer – für die Öffentlichkeit unzugänglich. Sie dürfen nur von Spezialisten besucht werden, bzw. von denjenigen Personen, die bestimmte Arbeiten über die Höhlenmalerei durchführen, wie z.B. bei dieser Webseite.
Auch sind einige Darstellungen durch die Unkenntnis derjenigen beschädigt worden, die Bauarbeiten in der Höhle durchgeführt haben. Der Rest der Höhle, d.h. die Hauptgalerie, in der sich nur wenige Darstellungen befinden, ist dennoch immer noch für Besucher geöffnet.
