¿Cómo puntuar las oraciones de tipo "ya..., ya..." o "bien..., bien..."?

Empleamos una coma delante de cada uno de los adverbios que funcionan como conjunciones disyuntivas discontinuas (también llamadas distributivas): bien..., bien...; ya..., ya...; ora…, ora…

También ponemos una coma delante de las correlaciones disyuntivas o bien..., o bien (a veces, uno de los dos términos se encabeza simplemente con o):

En esta época, bien llueve, bien sale el sol.
Ya veré después, o bien estudio, o bien me marcho a la playa.
Esa chica es muy inquieta, ya se pone a recoger, ya lo desordena todo.

La segunda coma es obligatoria. En cambio, la primera coma es opcional en dos casos:

• Cuando separa el sujeto y el verbo de la oración:

Ese futbolista (sujeto) ora está de titular, ora en el banquillo. (suprimimos la primera coma)
Los estudiantes ya están estudiando, ya están de vacaciones.

• Cuando el primer elemento no se separa con coma, como es el caso del complemento directo o el atributo:

Los adolescentes están ora contentos, ora tristes.
Tiene una nota media de 9,5: esa niña es o bien muy inteligente, o muy aplicada.

Más información:

• RAE: Ortografía de la lengua española (2010)