El descubrimiento de la cueva de Altxerri y su santuario rupestre tiene lugar en dos fases muy distintas.

En la zona donde está enclavada la cueva no se conocía caverna alguna, hasta que en 1956 comenzó a construirse la carretera que pasa por delante del caserío Altxerri. Para construir esta carretera se instaló una cantera provisional, con el fin de extraer material de las calizas que se encuentran detrás del caserío citado.

Una de las explosiones de cartucho de dinamita utilizado en las labores de esta cantera abrió un boquete de un metro de ancho por 80 cm de alto. Desde este boquete se descubrió una larga y amplia galería, que no tuvo, en un comienzo, más que interés local.

Roza de la antigua cantera cuya explotación permitió descubrir la cueva de Altxerri.
(Ω) Boquete de entrada originado por la cantera