Era claro que muchas de las figuras eran auténticas, sin embargo la presencia de escritos diversos en algunas paredes de la cueva, procedentes de los visitantes de años anteriores, obligaba actuar con mucha prudencia a la hora de realizar el estudio del conjunto rupestre paleolítico.

La primera medida llevada a cabo por la Sociedad de Ciencias Aranzadi fue la instalación de una puerta que cerrara convenientemente la cueva. La cueva recibió el nombre de Altxerri, del caserío próximo a ella.

Se acordó que no se permitieran más visitas que las estrictamente necesarias. Se encargó a Barandiarán el estudio de las figuras. En 1964 este investigador publicaba la primera memoria de las figuras en la revista Munibe. En 1976, el Profesor J. Altuna con la colaboración del Prof. J.M. Apellániz, publicó un segundo estudio de las figuras en la misma revista Munibe.

El año 1996 Jesús Altuna publicó el libro de alta divulgación "Ekain y Altxerri - Dos santuarios paleolíticos en el País Vasco".