Urdaibaiko padurak, gizakiaren eskusartzea nabarmena den arren, Euskal Autonomia Erkidegoan hobekien kontserbatutako itsasertzak dira. Ur geza eta gazien nahasketak sortzen duen aberastasun paregabearen eredu bakarrenetarikoak dira.

Ekosistema konplexu eta dinamiko honek askotariko gizaki bizidunak hartzen ditu bere baitan, batez ere ornogabeak eta hegaztiak; azpimarratzekoa da uretako hegazti migratzaileen babesleku gisa betetzen duen funtzioa. Estuarioaren garrantziaren aitortza mundu mailakoa da. Horren adierazgarri da Urdaibai Europan Hegaztientzako Garrantzitsuak diren guneak (IBAs) katalogoan sartu izana edota Hegaztientzako bereziki babestu beharreko lekuen sarea (ZEPA) eta RAMSAR Eremua (Nazioarte mailako garrantzia duten hezeguneen Ramsar zerrenda) izendatu izana.

Uretako ehun espeziek baino gehiagok aukeratzen dute Urdaibai atsedena hartzeko edo negua pasatzeko. Guztien artean Europan desagertzeko arriskuan dagoen Mokozabala (Platalea leucorodia ) nabarmentzen da.

Itsasertza Ogoño eta Matxitxako artean banatzen da, Izaro irla barruan dela. Paisaia malkartsua eta harritsua da, itsaslabarrek itsasoa besarkatzen duten eremua.
Hondartzak eta dunak itsasertza osatzen duten ekosistemako bereizgarriak dira. Esanguratsuenak Laida eta Laga dira; hondartza horietako dunak Urdaibaiko Biosfera Erreserbak inoiz izan dituen sistema dunar bakarrak dira.

Oraintsu habitat paregabe horiek babesteko eta berreskuratzeko programak abian jarri dira. Ondare baliotsu hori kontserbatzeko neurriak esperantzarako leihoak zabaldu dituzte. Izan ere, gizakiaren eraginez egun eremua nahiko hondatua dago.

Urdaibai Biosfera Erreserbako ur sareak 132 km² azalera hartzen du bere arroan. Oka ibaia da aranaren ardatza eta ur-emari nagusia. Urdaibaiko ibaiak eta errekastoak ibilbide laburra eta emari diskretua dutelako eta maldatsuak direlako bereizten dira.

Ibaiertzetan haltzak eta sahatsak nagusitzen dira. Landareek oso paper garrantzitsua betetzen dute ubideak egonkortzen dituztelako, itzala ematen dutelako eta higidura prozesuak saihesten dituztelako. Landaretzaz gain, Urdaibaiko ibaiertzean fauna aberasgarria aurki dezakegu. Besteak beste, bisoi europarraren (Mustela lutreola) eta (Austrapotamobius pallipes) karramarro berdearen bizitokia da.