Pasaia era el principal puerto ballenero de Europa durante los siglos XVI y XVII, desde donde zarparon grandes expediciones vascas de balleneros a Terranova. Los astilleros de Pasaia eran un referente en cuanto a investigación tecnológica. La nao transoceánica San Juan, construida en Pasaia en 1563, se hundió en 1565 en Red Bay en la Península de Labrador. Cuatro siglos más tarde, en 1978, un equipo arqueológico encontró el pecio en un magnífico estado de conservación y se dedicó a investigarlo durante más de tres décadas, siendo el buque mercante del siglo XVI que mejor se conoce y más información ha proporcionado a la comunidad científica internacional. Es por ello que su imagen se ha convertido en el símbolo del Patrimonio Cultural Subacuático de la UNESCO. En 2013, con el apoyo científico del Gobierno de Canadá y como uno de los hitos de la Capitalidad Cultural Europea Donostia/San Sebastián 2016, se comenzó a construir la réplica del ballenero en Pasaia siguiendo técnicas tradicionales de construcción. Por este motivo, los retrasos en la construcción impidieron que la réplica fuera la embajada flotante de Donostia 2016.