Este informe de la "Red de seguimiento del estado ecológico de las aguas de transición y costeras de la Comunidad Autónoma del País Vasco", correspondiente al año 2008, se ha estructurado en 19 capítulos y dos documentos de síntesis (en euskera y en castellano):

Un primer capítulo que recoge los apartados metodológicos, tanto de muestreo, como de analítica e interpretación de los datos, que no fueron utilizados en 2002 o que se han desarrollado a partir de entonces (Para toda referencia previa deben consultarse los informes de 2002 a 2007).
Hay que hacer notar una vez más que estas metodologías no son las definitivas, puesto que cada año se van perfeccionando. Además también la metodología final va a depender de lo que los grupos de implementación de la Directiva Marco del Agua (DMA) acaben recomendando o lo que los Estados adopten. Es por ello que los resultados de este estudio en cuanto a estado ecológico deben ser tenidos aún por provisionales. El objeto de este volumen es proporcionar de una manera sintética una visión global de la metodología utilizada en 2008 en nuestros estuarios y costas.

Luego vienen 18 capítulos de diferente tamaño, que corresponden a cada una de las 18 masas de agua (14 estuáricas y 4 costeras), con los resultados de aguas de transición y costeras, así como la calificación de su estado ecológico en 2008.
En algunos casos en que no fue posible determinar el estado en años anteriores (p. ej. las macroalgas de zona costera) se ha procedido a su calificación este año, si bien no se incluyen los datos si no que se referencia en cada caso el informe correspondiente del año anterior. En cada volumen se recoge en los apartados de resumen del estado ecológico de cada una de las masas de agua objeto de estudio en el País Vasco.