La disposición adicional cuarta de la Ley 1/2005 modificada por la Ley 13/2010 prevé la exclusión de instalaciones de pequeño tamaño. Estas son, los hospitales, las instalaciones que hayan notificado emisiones inferiores a 25.000 toneladas anuales (excluida biomasa) en el periodo anterior (2008-2012), y las instalaciones de combustión con una potencia térmica inferior a 35 Mw, siempre que lo hayan solicitado 22 meses antes del periodo de comercio de emisiones (marzo de 2011, para el periodo 2013-2020) con la documentación justificativa correspondiente.

Estas instalaciones deberán llevar a cabo un sistema de seguimiento y notificación de sus emisiones equivalente al previsto por la ley 1/2005, y un plan de aplicación de medidas de mitigación que conduzca a la reducción de emisiones equivalente a la prevista por la participación en el régimen de comercio de derechos de emisión.

El Real Decreto 301/2011 concreta las medidas equivalentes y el sistema de seguimiento y notificación para estas instalaciones.

Si durante un año civil, una instalación, a excepción de los hospitales, emitiera más de 25.000 toneladas, o en cualquier instalación no se aplicaran las medidas equivalentes, la instalación se reintroducirá en el régimen, y permanecerá dentro de él durante todo el periodo de comercio de emisiones.