La organización de los fondos documentales en el Archivo General de la Administración Pública de la CAE es orgánica-funcional, estructurada en cinco niveles: fondo, subfondo, sección, subsección y serie documental.

• Los fondos se corresponden con las grandes áreas competenciales atribuidas atribuidas a la Administración Autonómica. Se codifica con dos letras (Ejemplo: CU-CULTURA).
• Los subfondos se corresponden con la fracción de un fondo, que tiene entidad diferenciada del resto y corresponde a entidades administrativas subordinadas que tienen cierto grado de autonomía. Se codifica también con dos letras (Ejemplo: OS-OSAKIDETZA-Servicio Vasco de Salud)
• Las secciones identifican las áreas funcionales dentro de un área competencial. Se codifican con dos dígitos (Ejemplo: OS.03-ATENCIÓN HOSPITALARIA)
• Las subsecciones se crean si la entidad de la sección lo hace necesario. Se codifican con una sola letra (Ejemplo: OS.03.F-HOSPITAL DE BASURTO (Bilbao)).
• La serie documental agrupa los documentos y/o expedientes producidos en el desarrollo de una función o actividad administrativa. Se codifican con tres letras (Ejemplo: CU.06.PFC – Ayudas al programa Fábricas de creación; OS.03.F.DHB-Documentación histórica del Hospital de Basurto).