Las atalayas se han utilizado siempre para observar el mar. Las primitivas sociedades prehistóricas precisaban conocer la existencia de bancos de pesca próximos a la costa o si la meteorología sería favorable para la navegación. En época romana se establecieron rutas marítimas que comunicaban los puertos y que contaban con faros que facilitaban la navegación, por lo que es probable la existencia en las poblaciones del litoral de puntos de observación o emplazamientos usados como atalayas. Posteriormente, en época altomedieval, con la llegada de los pueblos bárbaros, las comunidades de la costa vasca se especializaron en la caza de la ballena, actividad para la que es primordial la función de las atalayas.
La caza de la ballena, junto con el comercio y el transporte marítimo, propiciaron el crecimiento económico de la costa vasca entre los siglos X y XV. Las primeras referencias documentales sobre la caza de la ballena en la costa vasca se sitúan en Mutriku en 1200. En cuanto a las atalayas, en 1310 se alude a la parroquia de Santa María de la Atalaya en Bermeo. En Gipuzkoa la primera mención de atalaya conocida es de 1504 y se trata de un emplazamiento relacionado con Mutriku. Posteriormente aparecen otras anteiglesias de Bizkaia o de Gipuzkoa como propietarias de las atalayas o como responsables de su mantenimiento y gestión; en otros casos las atalayas son gestionadas por las cofradías de mareantes de cada localidad.
Entre los siglos XVI y XVIII, las atalayas contribuyeron a la gestión del tráfico comercial de los puertos vascos. A partir del siglo XIX fueron perdiendo su antigua función comercial, debido a que los motores de vapor posibilitaron mayor control de las naves, y a la concentración del tráfico comercial en los puertos de Donostia-Pasaia y de Bilbao. Los pescadores seguían necesitándolas, pero con la modernización de los procedimientos de pesca y navegación, fue disminuyendo su importancia y quedando en desuso, siendo abandonadas las últimas de esas infraestructuras a mediados del siglo XX.